Прошло уже десять лет после победы над врагами. Ниндзя живут своей жизнью, к примеру Кай Смит мастер огня сын Рэя Смита первого мастера огня, который как оказалось успевший на Турнире Элементов подружиться с Шейдом мастером теней, Нейро мастером разума и Эшем мастером дыма обучает новое поколение ниндзя. Оказалось что враги не были побеждены окончательно и они снова собираются остановить ниндзя.
История о подвигах шести ниндзя. Шести лучших ниндзя и их сенсея. О том как они преодоливали препятствия и защищали людей. История о любви, сражениях и дружбе. А все началось с того, что на Коноху напали ходячие скелеты и пошли слухи, что вернулся Великий Лорд Тьмы - Минато Намикадзе. Какаши собирает отряд из 6 человек. Каждый из них владеет особой силой. Но главная сила в их команде это дружба и доверия, но до этого ещё далеко... И для начала команде нужно узнать, почему их лидер такой холодный